深圳ISO14001认证目的是为了让企业在环境管理方面得到进一步发展，在市场竞争中获得优势，深圳ISO14001认证企业在建立环境管理体系时存在如下几个方面的问题：
1、深圳ISO14001认证不科学的环境决策机制
不科学的环境决策机制，导致我国企业在建立环境管理体系时出现问题，通常我们概括现行的环境机制为职能部门制定环境管理方案，可是这种决策机制有很严重的不足。环境部门制定方案时，可能忽略了经济增长、环境政策和社会稳定等多方面的问题，没有达到三者协调一致的情况，所以管理者很可能就反对环境部门的提议，从而阻碍了政策的贯彻落实。
2、深圳ISO14001认证不健全的环境法制和政策
我国企业建立环境管理体系时会遇到很多问题，主要原因就是国家关于环境方面的法律还不健全，本文主要列举以下几个方面：部分领域尚没有出现立法，污染和资源保护方面没有结合，部分条款过于笼统，环境管理手段中没能应用经济手段，不能有效规范环境执法者。如果我国企业想要在国际市场站稳脚跟，立足于开拓国际市场，占有一定的市场份额的话，就不能只追逐眼前利益，需要我国企业对环境管理给予更大的关注，避免企业经营过程中由于环境不合格而被国外企业比下去，失去优势。
3、深圳ISO14001认证滞后的环境管理体制
环境管理体制要求我们对各部门进行严格管理，而不是自己管理自己，这样的管理体制肯定不能实现管理的目的。如今，我国的环境管理体制正处于转变阶段，曾将的管理体制是部门分工制，而现在是分工负责和统一化管理相结合的管理体制。企业中常出现重复设置的问题，主要问题的表现形式是由于新设立的机构在授权的时候，可能会与原机构的职能发生冲突，从而出现重复设置的现象。
4、
深圳ISO14001认证企业对环境管理的意识浅薄
深圳ISO14001认证企业并没有树立健全的企业文化，缺乏对ISO14001环境管理体系标准的认知，没有认识到环境管理体系在企业中的重要作用，企业通常只做到经营和管理，没有做到对环境的保护和合理利用，尤其一些化工厂、制造厂，他们在处理生产废料的时候，不按照一定的废品标准处理。
