环境因素产生的环境影响有显在的和潜在的之分。例如，某企业日常生产废水的正常排放而造成的环境影响可以被认为是“正常”的(在工艺技术和生产管理正常运转条件下)、显在的，而油品仓库中存放的油桶由于装卸原因破损造成泄漏或发生火灾，由此而造成的环境影响则可以被认为是潜在的、不可预见发生时间的“异常”或“紧急”事件。常规的识别环境因素的方法是从组织的活动、产品或服务中对环境造成有害变化即环境不利影响中识别出相应的环境因素，如含COD的生产废水排放，含二氧化硫烟尘排放等。按ISO14001标准要求，在组织识别它能控制和可能希望对其施加影响的环境因素的识别中，既要包括对哪些有显在的、在“正常”情况下经常产生环境不利影响的环境因素的识别，也要包括对那些潜在的在“异常”或“紧急”情况下了经常产生环境不利影响的环境因素的识别，然后根据相应的环境因素评价标准评价出重要环境因素。

　　按照ISO14001标准的指导思想，所有的重要环境因素都应得到有效控制，即通过制定环境目标和指标、环境管理方案或运行控制程序加以控制。环境管理方案和运行控制都与组织的目标指标和重要环境因素有一定的关系，环境管理方案是为实现环境目标和指标而制定的，是直接控制可制定环境目标和指标的重要环境因素的，其目的性很强。而运行控制是针对根据组织环境方针、目标指标确定的与所标识的重要环境因素有关的运行和活动进行的规定。一般可以认为环境管理方案(源于环境目标和指标)常是针对需要改进的那些在“正常”情况下经常发生的显在的环境影响的重要环境因素的，具有一定的时效性，当相应的目标指标已实现或环境管理方案已完成时，该环境管理方案将不复存在或成为历史，同时组织的环境现状有所改变、环境绩效有所改善。在组织制定新的环境目标指标时又会制定相应的新的环境管理方案。运行控制程序一般是用来规定或规范组织与重要环境因素有关的运行和活动的。通常是针对那些在“异常”或“紧急”情况下不经常发生的潜在的环境影响的运行和活动，通过相应的运行控制防止此类“异常”或“紧急”情况的发生，使与某些重要环境因素有关的运行和活动处于正常状态和受控之中。另一方面运行控制程序是相对稳定的，只要组织的生产或经营方式不变则其相应的运行控制程序则是相对稳定的，虽然会有一定改进和完善但不会有大的变化。

　　从环境管理方案内容上讲是一个为了完成环境目标和指标的包括人力、物力、财力和技术支持的系统性的计划，它的实施和完成还需要经过一个或多个实际运行和活动，对这些运行和活动的管理都可能牵涉到相关的运行控制内容。例如为了实现使废水排放中某污染因子达标排放这个环境目标和指标，采用了在某期限内建立污水处理站的环境管理方案，而在建立污水处理站的环境管理方案，而在建立污水处理站过程中的基建工程建设中就需遵守相关的《新、改、扩建项目的环境管理程序》，在调试验收时使用化学品时也需遵守有关的《化学品的使用和管理程序》。所以环境管理体系中的运行控制的应用范围更为基础和广泛，并非只限于组织的环境目标和指标的实现或对重要环境因素的控制，也包括对某一般相对重要的环境因素的控制，例如《化学品的使用和管理程序》不但可以防止有毒有害化学品的泄漏对环境的污染和人的危害，也可以对一般化学品进行有效的管理。